Ποινική δίωξη για τα οικονομικά της Κιβωτού του Κόσμου ασκήθηκε από τις εισαγγελικές Αρχές μετά την ολοκλήρωση της προκαταρκτικής εξέτασης που διενεργούσε ο εισαγγελέας Πρωτοδικών, Ιωάννης Σέβης. Η ποινική δίωξη στρέφεται σε βάρος του πατέρα Αντώνιου, της πρεσβυτέρας και δύο ακόμα προσώπων.

Ειδικότερα, η ποινική δίωξη στον πατέρα Αντώνιο και την πρεσβυτέρα αφορά τα αδικήματα της απιστίας, της υπεξαίρεσης και του ξεπλύματος μαύρου χρήματος μέσω της Κιβωτού του Κόσμου.

Πιο συγκεκριμένα, η πρεσβυτέρα φέρεται να έχει τελέσει τα αδικήματα της απιστίας και της υπεξαίρεσης ως φυσικός αυτουργός ενώ στον πατέρα Αντώνιο αποδίδεται ηθική αυτουργία στις παραπάνω πράξεις. Και οι δύο επίσης βαρύνονται με το αδίκημα του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.

Οι άλλοι δύο κατηγορούμενοι στην υπόθεση κατηγορούνται σε βαθμό πλημμελήματος για συνέργεια σε πλημμεληματική υπεξαίρεση αφού αφενός ένα μέρος του μισθού του, του ενός, πρώην υπαλλήλου (30.000 ευρώ) στην Κιβωτό, φαίνεται να γύριζε στην οργάνωση ενώ στη θυρίδα του συγγενικού προσώπου του ιερέα και της πρεσβυτέρας, σε νησί του Αιγαίου εντοπίστηκαν 57.000 ευρώ.